在进行英文论文查重时，通常情况下参考文献是不算在内的。因为参考文献是其他研究成果的引用，与原始的研究成果并不一致，如果把参考文献算在内会影响到论文的检测结果的准确性。

然而，有些查重系统会对参考文献进行检测，这时候就需要将参考文献计算在内。在进行论文查重时，还需要注意排版、格式等问题，这些问题同样会对查重结果的准确性产生影响。

因此，在进行英文论文查重时，需要根据具体情况来确定是否将参考文献计算在内。