南航菁英卡和明珠卡均为南方航空公司推出的会员卡，主要有以下区别：

1. 资格要求不同：菁英卡需要乘坐南航长途航班达到一定累计里程，而明珠卡则需要在南航所有航班中累计飞行里程或累计积分。

2. 会员等级不同：菁英卡分为银卡、金卡、白金卡三个等级，明珠卡分为银卡、金卡、白金卡和钻石卡四个等级。

3. 权益不同：菁英卡和明珠卡的权益也有所不同，其中菁英卡可以享受优先值机、免费托运行李、免费升舱等权益，明珠卡则可以享受更多的优先服务以及兑换商务舱或头等舱的机会等。

4. 功能不同：菁英卡可以免费折扣购买餐饮、礼品等南航周边产品，而明珠卡则还提供了积分兑换和购买南航国内机票等功能。