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基层副主任医师资格在县级医院是可以使用的。

根据相关政策，基层医疗卫生副高级专业技术职务适用于县级医院、县级专业公共卫生机构、乡镇卫生院、社区卫生服务中心(站)、村卫生室等医疗卫生机构的卫生专业技术人员。取得“基层副主任医(药、护、技)师(县级)”资格的卫生专业技术人员，可以在全市基层医疗卫生机构中聘任相应的专业职务。

此外，卫生系列医疗类基层副高级职称的名称分为基层副主任医师和乡镇社区副主任医师，乡镇(街道)卫生院、社区卫生服务中心(站)、村卫生室的卫生专业技术人员可申报基层副主任医师，也可申报乡镇社区副主任医师