农产品代销公司在进行进项票处理时，需遵循相关税务规定。以下是关于农产品代销公司如何处理进项票的一般性建议：

首先，需要明确的是，农产品代销公司的进项票处理可能因企业规模、纳税人身份等因素而有所不同。一般来说，对于一般纳税人，取得或开具农产品销售发票时，应按照农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算进项税额。对于小规模纳税人，如果取得的是增值税专用发票（普通发票不得抵扣），那么应依据发票上注明的金额和规定的扣除率来计算进项税额。

此外，如果取得的是一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，那么应直接以注明的增值税额作为进项税额。

在领用农产品环节，如果农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，还可以按照政策规定加计1%抵扣进项税额。

需要注意的是，以上只是一般性的处理原则，具体的税务处理应根据当地的税务法规和政策来执行。农产品代销公司在进行税务处理时，应咨询专业的税务顾问或当地税务部门，确保税务处理的合规性。

同时，为了规范进项票的管理，农产品代销公司还应建立完善的财务管理制度，确保所有进项票的真实、完整和合规。这包括妥善保存所有相关的发票和凭证，定期进行财务审计和自查，以及及时更新税务政策和规定，以确保公司税务处理的准确性和合法性。

总之，农产品代销公司在处理进项票时，应遵循相关税务法规和政策，建立完善的财务管理制度，确保税务处理的合规性和准确性。