可能是由于建筑结构变化或地基不平等等原因导致了5楼高度低于3楼。另外，建筑物可能会出现自然下沉现象，导致楼层高度的差异。此外，施工过程中施工方的误差也可能会导致楼层高度差异。如果楼层高度差异严重，需要及时寻找原因，并进行适当的修复和调整，以确保建筑物结构稳定和安全。