光等离子除菌和巴氏除菌是两种不同的除菌技术，它们在除菌原理、应用场景和效果等方面存在一些差异。

光等离子除菌：

光等离子除菌技术利用特定的光源产生光等离子，这些光等离子具有高度的活性，能够与细菌、病毒等微生物的细胞壁、细胞膜等结构发生作用，破坏其结构，从而达到杀灭微生物的目的。光等离子除菌技术具有杀菌速度快、效果好、无二次污染等优点，因此在医疗、食品、水处理等领域得到了广泛应用。

巴氏除菌：

巴氏除菌法是一种传统的热处理方法，通过将食品或液体加热至一定温度并保持一定时间，从而杀灭其中的病原微生物，达到除菌的目的。巴氏除菌法最初用于牛奶的消毒，后来逐渐应用于果汁、啤酒等食品的生产中。巴氏除菌法具有操作简单、成本低廉等优点，但相对而言，其除菌效果可能不如光等离子除菌技术。

总体而言，光等离子除菌和巴氏除菌在除菌原理、应用场景和效果等方面存在一定差异。光等离子除菌技术具有更快的杀菌速度、更好的除菌效果，且不会产生二次污染，因此在一些对除菌效果要求较高的领域，如医疗、食品、水处理等，得到了广泛应用。而巴氏除菌法则更适用于一些对温度敏感的食品或液体的消毒处理。在实际应用中，应根据具体需求和场景选择合适的除菌技术。