商丘公积金冲还贷申请扣款时间一般取决于贷款银行和还款方式，如果是自主还款，则在提交冲还贷申请后会在7-10个工作日内完成扣款；如果采用代扣还款方式，则每月还款日自动从公积金账户中扣除相应的还款金额。需要注意的是，在还款时要确保账户中有足够的金额以避免逾期产生的额外费用。