按照交通规则，当三叉路口红灯亮起时，车辆需要停在路口的停止线前等待绿灯亮起。如果车辆已经越过了停止线并在中间区域，这就违反了交通规则，也加重了事故风险。因此，如果司机在三叉路口红灯亮起时越过了停止线并停留在中间，可能会被扣分，同时也将对其他车辆和行人造成潜在的安全风险。所以，建议遵守交通规则，安全驾驶，避免违反交通规则。