这种情况可能存在以下几种可能性：

1. 开具的发票金额有误。可能是因为填写错误、计算错误等原因导致开具的发票金额低于实际金额。

2. 存在其他费用。除了不动产和无形资产费用之外，可能还存在其他费用，如中介费、税费等等，这些费用也需要开具发票，因此总金额可能会超过不动产和无形资产费用。

3. 存在抵扣税额。如果购买方是纳税人，可能可以通过抵扣税额的方式降低实际支付金额，这也会导致发票金额低于不动产和无形资产费用。

需要注意的是，如果发票金额低于实际支付金额，可能会存在税务风险，建议及时咨询税务专业人士。