穗深城际铁路运营时间为07:00至20:16，但每日运营情况变动较大，以12306售票情况为准。

穗深城际铁路原称穗莞深城际铁路，起自广州新塘，终点为深圳机场，正线全长约74公里，设计时速140公里/小时。