使用密码保护的方式对PDF文件进行保护，可以防止未授权人员访问文件内容；同时，在进行签名前，需打开文件进行验证，此时需要输入密码进行解锁，以此保证签名的有效性和安全性。这样的方式可以兼顾文件的保护和签名的有效性，不会造成任何影响。