如果同一单位的员工在不同时间发生两次工伤，应该先按照职业病和工伤保险条例的规定进行工伤认定和赔偿。

根据《职业病和工伤保险条例》的规定，对于同一单位、同一工种、同一受害人，两次工伤的受害人应按照先后顺序确定原工伤，后一次受伤由工伤保险赔偿，前一次受伤则由企业承担责任。

如果两次工伤不是同一部位的话，可以单独进行认定和处理，但需要提供足够的医疗证明和证据来支持。