药店审计主要审计以下内容：

1、药品来源：审查药房药品的来源是否合法，是否有不正当来源。

2、药品处方：检查药房药品的发出是否有医生的药品处方笺。

3、药品差价：核实药品的进销差价是否按规定核算，准确程度如何。

4、价格变动：审查药品价格变动时是否根据有关部门编制的药品价格调节表，是否存在擅自提高药品价格的情形。

5、处方开具：关注药品处方开具的情况，是否存在开大处方加重患者负担的情况。

6、医保基金使用：重点关注医保定点药店报销医保基金情况，审查有无串换药品、医保套现等问题，确保医保基金使用真实合规等。