德国S2和S3的主要区别在于它们的性能和应用领域。S2级别列车是城际列车，主要在德国境内各大城市之间运行，车速较快，设施较为现代化，乘坐舒适度高。

而S3级别列车则是地区性列车，主要服务于城市周边的郊区和小镇，车速相对较慢，但票价较为便宜，适合短途出行。此外，两者在车型、车厢配置等方面也存在一定差异。总之，选择乘坐哪种列车主要取决于您的出行需求和预算。