北京社保新系统进行减员操作的步骤如下：

1. 登录北京社保新系统，找到减员相关的功能模块。

2. 填写减员申请表，包括被减员人员的基本信息和减员原因。

3. 提供相关减员证明材料，如离职证明、解除劳动合同等。

4. 提交减员申请并等待审核，系统会生成减员通知书。

5. 根据减员通知书指引，按照规定的操作流程完成减员手续。

6. 确认减员成功后，更新相关人员信息，并及时缴纳相应的社保费用。

注意：减员操作前请确认所使用的系统是最新的北京社保新系统，并按照系统的相关规定和流程进行操作。如有疑问，建议咨询社保部门或相关专业人士。