南苏丹原是英埃共管苏丹的一部分，1956年后成为苏丹共和国的一部分，属苏丹南部10州。

第一次苏丹内战后，苏丹南方于1972年至1983年得到自治。

第二次苏丹内战随即于1983年爆发，2005年签署《全面和平协定》，并成立苏丹南方自治政府。2011年，南苏丹独立公投通过，南苏丹共和国遂于2011年7月9日0时宣告独立，成为非洲大陆第54个国家。2016年4月15日，南苏丹正式加入东非共同体，成为该组织第6个成员。