不算。

患者住院时，不管是职工医保，农村合作医疗以及城镇医保等等各种系统，住院后三天内备案都是不算星期天的，节假日也不包括在内，而是指工作日的三天之内，办理医保手续都是可以的。目前我国的医保政策越来越人性化，系统越来越完善。出院时结账也越来越方便。