要申请ISO9001认证，温州企业首先需要建立质量管理体系文件，包括质量手册、程序文件和记录文件。然后进行内部审核，确保体系文件符合ISO9001标准要求。

接着进行管理评审，领导层要对质量管理体系进行审查并作出决策。

最后，选择权威的认证机构进行外部审核，通过审核后即可获得ISO9001认证。整个过程需要企业全员配合，确保质量管理体系的有效实施和持续改进。