宋、元裁县，并入南阳县，设三辖巡检司。明成化十二年（1476年）复置县，因县城东北隅的南召店是宛洛大道上商旅息居的名驿，故以“南召”命名。

清顺治十六年（1659年）再废县制，并入南阳县，雍正十二年（1734年）又复置南召县，县名至今未易。